Эксперимент рандомизируется по store_id (каждый магазин — кластер), потому что сотрудники влияют на опыт всех клиентов в магазине. Метрика — средний чек клиентов. Какая единица анализа чаще всего корректнее для вывода эффекта?

Если рандомизируются магазины, то именно магазины являются независимыми единицами назначения. Считать каждый чек независимым значит игнорировать общие факторы внутри магазина, что обычно занижает дисперсию и делает выводы слишком оптимистичными. Типовой подход — считать метрику на уровне store_id или применять методы, учитывающие кластеризацию. Это согласует единицу анализа с единицей рандомизации.