Вы считаете общую конверсию по воронке от шага 1 до шага 3 (1→3). Что должно быть знаменателем у этого показателя?

Показатель 1→3 отвечает на вопрос, какая доля пользователей, вошедших в воронку, дошла до финального шага. Поэтому знаменатель берётся по шагу 1. Если взять шаг 2, вы получите другую метрику — конверсию 2→3, и сравнение станет некорректным. Считать по всем событиям без дедупликации тоже нельзя: один пользователь может несколько раз попадать на один и тот же шаг.